Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, Lembaga Pemasyarakatan menyelenggarakan fungsi:

1. Melakukan pembinaan narapidana / anak didik;
2. Memberikan bimbingan, mempersiapkan sarana dan mengelola hasil kerja;
3. Melakukan bimbingan sosial / kerohanian narapidana / anak didik;
4. Melakukan pemeliharaan keamanan dan tata tertib Lembaga Pemasyarakatan; dan
5. Melakukan urusan tata usaha dan rumah tangga.

Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIB Nabire terdiri dari empat Seksi antara lain:

1. Sub Bagian Tata Usaha

Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha dan rumah tangga LAPAS. Untuk menyelenggarakan tugas tersebut Sub Bagian Tata Usaha mempunyai fungsi :

1. Melakukan urusan kepegawaian.
2. Melakukan urusan surat-menyurat, perlengkapan dan rumah tangga.

Sub Bagian Tata Usaha terdiri dari:

a. Urusan Kepegawaian dan Keuangan

Urusan Kepegawaian dan Keuangan mempunyai tugas melakukan urusan kepegawaian dan keuangan

b. Urusan Umum

Urusan Umum mempunyai tugas melakukan urusan surat-menyurat, perlengkapan dan rumah tangga

2. Seksi Bimbingan Narapidana/ Anak Didik dan Kegiatan Kerja

Seksi Bimbingan Narapidana/Anak Didik mempunyai tugas memberi-kan bimbingan pemasyarakatan narapidana/anak didik dan bimbingan kerja, Untuk menyelenggarakan tugas tersebut pada Seksi Bimbingan Narapidana/Anak Didik dan Kegiatan Kerja mempunyai fungsi yaitu :

1. Melakukan regristrasi dan membuat statistik, dokumentasi sidik jari serta memberikan bimbingan pemasyarakatan bagi narapidana/ anak didik.
2. Mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana/ anak didik;
3. Memberikan bimbingan kerja, mempersiapkan fasilitas sarana kerja dan mengelola hasil kerja

Seksi Bimbingan Narapidana/Anak Didik dan Kegiatan Kerja terdiri dari :

a. Sub Seksi Registrasi dan Bimbingan Kemasyarakatan

Sub Seksi Registrasi dan Bimbingan Kemasyarakatan mempunyai tugas melakukan pencatatan, membuat statistik, dokumentasi sidik jari serta memberikan bimbingan dan penyuluhan rohani, memberikan latihan olah raga, peningkatan pengetahuan, asimilasi, cuti dan penglepasan narapidana/anak didik.

b. Sub Seksi Perawatan Narapidana/Anak Didik

Sub Seksi Perawatan Narapidana/Anak Didik mempunyai tugas mengurus kesehatan dan memberikan perawatan bagi narapidana/ anak didik.

c. Sub Seksi Kegiatan Kerja

Sub Seksi Kegiatan Kerja mempunyai tugas memberikan bimbingan kerja, mempersiapkan fasilitas sarana kerja dan mengelola hasil kerja.

3. Seksi Administrasi Keamanan dan Tata Tertib

Seksi Administrasi Keamanan dan Tata Tertib mempunyai tugas mengatur jadwal tugas, penggunaan perlengkapan dan pembagian tugas pengamanan, menerima laporan harian dan berita acara dari satuan pengamanan yang bertugas serta menyusun laporan berkala dibidang keamanan dan menegakkan tata tertib.

Untuk menyelenggarakan tugas tersebut Seksi Administrasi Keamanan dan Tata tertib mempunyai fungsi :

1. Mengatur jadwal tugas, penggunaan perlengkapan dan pembagian tugas pengamanan.
2. Menerima laporan harian dan berita acara dari satuan pengamanan yang menegakkan tata tertib.

Seksi Administrasi Keamanan dan Tata Tertib terdiri dari :

a. Sub Seksi Keamanan

Sub Seksi Keamanan mempunyai tugas mengatur jadwal tugas, penggunaan perlengkapan dan pembagian tugas pengamanan.

b. Sub Seksi Pelaporan dan Tata Tertib

Sub Seksi Pelaporan dan Tata tertib mempunyai tugas menerima laporan harian dan berita acara dari satuan pengamanan yang bertugas serta mempersiapkan laporan berkala dibidang keamanan dan menegakkan tata tertib.

4. Kesatuan Pengamanan Lembaga Pemasyarakatan (KPLP)

Kesatuan Pengamanan Lapas mempunyai tugas menjaga keamanan dan ketertiban Lapas. Untuk menyelenggarakan tugas tersebut Kesatuan Pengamanan Lapas mempunyai fungsi:

1. Melakukan penjagaan dan pengawasan terhadap Narapidana/ Anak Didik;
2. Melakukan pemeliharaan keamanan dan ketertiban;
3. Melakukan pengawalan, penerimaan, penempatan dan pengeluaran narapidana/anak didik;
4. Melakukan pemeriksaan terhadap pelanggaran keamanan;
5. Membuat laporan harian dan berita acara pelaksanaan pengamanan.